一些特殊生理状况的婴儿，需要食用经过特别加工处理的婴儿配方食品。此类婴儿配方食品，需经医师、营养师指示后，才可食用，依其成分特性又可进一步分为五种不同的配方奶粉，分别是不含乳糖之婴儿配方奶、部份水解奶粉、完全水解奶粉、元素配方奶粉和早产儿配方奶粉。每种奶粉都针对不同体质、不同年龄的宝宝们。
1、不含乳糖之婴儿配方奶：适用于对乳糖无法耐受的婴儿。可分为：以牛乳为基础之无乳糖婴儿配方奶，以及以黄豆为基础之无乳糖婴儿配方奶粉。
2、部份水解奶粉：适用于较轻度的腹泻或过敏之婴儿。
3、完全水解奶粉：适用于过敏或短肠症候群之婴儿。
4、元素配方奶粉：适用于最严重的慢性腹泻、过敏或短肠症候群之婴儿。
5、早产儿配方奶粉：适合早产儿使用。
