中国气功强调天人合一，人和自然界有着密切不可分割的联系，人的机体受到气候、环境等因素的影响。中国气功重视人与自然界的动态适应。气功是中国传统医药学的一个重要组成部分。在2000多年前成书的我国现存最早的医学经典著作《黄帝内经》中，对气功锻炼的方法、理论和治疗效果等内容，都有记载。在《素问》的八十一篇中，就有十几篇直接或间接地谈到有关气功方面的内容。可见，在春秋战国时期以前，气功已成为一种重要的医疗保健方法。
不仅在著作中有对气功的论述，而且许多名医本人也是气功实践家。如汉代名医张仲景在其名著《金匮要略》一书中说：“四肢才觉重滞，即导引吐呐，针灸膏摩，勿令九窍闭塞”。这里所说的“导引吐呐”就是气功的一种方法。著名的“五禽戏”，相传就是汉代名医华佗所创，流传到今天仍被气功爱好者所喜爱。其后晋代葛洪所著《抱朴子》、南北朝陶弘景所著《养性延命录》、隋代巢元方所著的《诸病源候论》、唐代孙思邈所著《备急千金要方》、王焘所著《外台秘要》、宋代《圣济总录》以及金元四大家的著作中都有气功方面的论述。
在明代著名医学家李时珍所著《奇经八脉考》中指出：“内景隧道，惟返观者能照察之”。意思是说，在练某种静功的过程中能够觉察出人体的经络变化。清代著名温病学家叶天士和吴鞠通，都有气功的实践和论述。近代名医张锡纯所著《医学衷中参西录》中也有专论气功的章节，并指出学医者应参以静坐。从以上提及的名医和论著与气功的关系，即可知气功养生学历史之悠久，又可见气功在中医学中的重要地位。
气功作为中医学的一个分支，在理论上主要以中医理论为基础，在创编功法和气功锻炼中也应用阴阳、五行、脏腑、经络、精气神等学说作指导；对气功锻炼产生的效应及气功作用机制等认识，到目前为止，也主要以中医理论来阐述。当然，由于自古以来，气功实践不只为医家独有，儒、道、佛、武等各家在各自不同的实践中，分别对气功形成了自己的认识，也构成了气功理论的一部分。
气功实践的结果也为中医学提供了新的内容，如明代医学家李时珍、张景岳等分别对奇经八脉和丹田命门理论的系统阐发，在很大程度上是建立在气功实践的基础上的。气功强调对意念的运用，是对中医调神理论和情志学说的补充和发展。掌握了气功心身同练的特点，有助于深入理解中医“形神合一”、“天人合一”的整体观，而气功作用机制的探讨，亦有益于对中医“气化论”、“精气神”理论和脏腑心理相关性等的深入认识。发掘整理气功与药物配合应用，气功针灸、气功按摩等传统治疗方法也可提高临床疗效、开拓新的治疗途径。
